Mais uma vez deu Corinthians! Em 1999, o Timão tornou-se tricampeão brasileiro, conquistando o título pela segunda vez consecutiva. A final novamente foi contra um clube mineiro, desta vez o Atlético. O Galo venceu a primeira partida por 3x2 com três gols de Guilherme e o Timão venceu o segundo jogo por 2x0. O terceiro duelo terminou empatado em 0x0 e o Corinthians sagrou-se campeão mais uma vez. Guilherme, do Galo, foi o artilheiro do campeonato com 28 gols anotados. Com boas defesas, o goleiro Fábio Costa, do Vitória, foi a revelação de 99. Um dos maiores cobradores de falta e escanteio do futebol brasileiro, o corintiano Marcelinho Carioca também mostrou fácil domínio da bola e velocidade, sendo considerado o craque da competição. Em 29 jogos, o Corinthians venceu 18, empatou cinco e perdeu seis. Marcou 61 gols e sofreu 38. Oswaldo de Oliveira comandou o time bicampeão do Corinthians, que era formado por Dida, Índio, João Carlos, Nenê (Márcio Costa), Kléber, Vampeta, Rincón, Ricardinho, Marcelinho Carioca, Luizão e Edílson.
O Atlético tornou-se vice-campeão pela terceira vez: treinado por Humberto Ramos, o Galo tinha no elenco jogadores como Velloso, Bruno, Galván, Cláudio Caçapa, Ronildo, Gallo, Valdir, Belleti, Robert, Marques e Guilherme. O Cruzeiro encerrou sua participação no campeonato em quinto lugar.
O mico de 1999 está ligado à adulteração da idade de Sandro Hiroshi: o episódio tirou pontos do São Paulo, salvou o Botafogo e rebaixou o Gama. A diretoria do time do DF foi à Justiça comum e levou a CBF a sair da organização do campeonato, com a criação da Copa João Havelange no ano seguinte.
Neste torneio, Gama e Juventude foram convidados a disputar o Módulo Azul, considerado a primeira divisão, juntamente com os demais times da Série A de 1999, enquanto Botafogo-SP e Paraná disputaram o Módulo Amarelo, considerado a segunda divisão.
Neste ano, um psicopata assustou a população paulista: Francisco de Assis Pereira, conhecido como Maníaco do Parque, foi condenado a 121 anos de prisão pela morte de dez mulheres no Parque do Estado, na capital paulista.