Em 2001, pela primeira vez em sua história, o Atlético-PR conquistou o título do Campeonato Brasileiro. A final foi contra o São Caetano e o Furacão venceu os dois jogos: na ida por 4x2, e na volta por 1x0. O baixinho Romário, do Vasco, fez 21 gols e tornou-se o artilheiro da competição. O craque foi o atacante Alex Mineiro, do Atlético-PR, que se tornou o primeiro jogador a marcar quatro gols numa série final de Campeonato Brasileiro. Aos 22 anos, Kleberson, também jogador do clube campeão, foi considerado a revelação. O Furacão disputou 31 jogos, tendo vencido 19, perdido seis e empatado também seis. Anotou 68 gols e levou 45. O time campeão, treinado por Geninho, tinha Flávio, Nem, Gustavo, Rogério Corrêa, Alessandro, Cocito, Adriano, Kleberson, Fabiano, Kléber e Alex Mineiro.

Depois das disputas judiciais que quase impediram a realização do Campeonato de 2000, a CBF decidiu manter na Série A os 25 clubes que disputaram o Módulo Azul da Copa João Havelange, convidando ainda o Paraná e o Botafogo-SP, para que não houvesse tratamento diferenciado entre os clubes rebaixados em 1999, já que os outros dois clubes rebaixados naquele ano (Juventude e Gama) disputaram o Módulo Azul em 2000, equivalente à divisão principal do Campeonato Brasileiro. A CBF também decidiu incluir o São Caetano, vice-campeão da Copa João Havelange.

O Galo voltou a fazer um bom Campeonato, terminando em quarto lugar: foi eliminado pelo São Caetano na semifinal. O Cruzeiro foi mal, ficando na 21ª colocação.

O mico está relacionado à forma do Campeonato, que voltou a gerar polêmica. Foram 28 participantes, com oito avançando à fase semifinal. Sem datas extras disponíveis, não houve jogos de ida e volta, como estava previsto no regulamento.

Fora do futebol, em 2001, a doença da "Vaca Louca" fez o consumo de carne bovina diminuir no mundo. Produtos de cerca de 20 países foram proibidos de entrar no Brasil, por ordem da Anvisa. A contaminação atingiu Europa e Ásia.